扁平苔藓应与以下几种疾病相鉴别：
1.口腔赤斑病(简称赤斑，口腔红斑) 赤斑是一种红色口腔粘膜癌前损害，非常类似于癌前皮炎——博温病(Bowen disease)，二者在组织病理海陆空上的改变，也常难以区分，为免于在字面上混同于良性的炎症性红斑(macule)而称赤斑，以示二者在本质上的差异。
而常见的粘膜炎(mucositis)是红色良性粘膜炎的统称。创伤，感染，药疹等多种原因都可在口腔任何部位引起炎症反应。这种炎症反应通常也称红斑，红斑呈暗红色，无特异的血红色，疼痛比较明显，病程短暂，对于疑似赤斑的局限性损害，可在损害下注射皮质类固醇如确炎舒松，每周2次，如2周内无消退迹象，应予以活体检查。
2.盘状红斑狼疮 女性多见，损害常发生在唇部，颊粘膜，舌背，口底舌腹等部位，皮肤损害多见于头面部，粘膜损害的特征为中央萎缩，外围为白色或黄白色而发硬的斑块，边缘不规则但界限清楚，损害发生部位可作为鉴别参考。
以上几种疾病与扁平苔藓的鉴别还可借助于组织学检查：赤斑损害是角化层消失，仅有2～3层棘细胞，核浆比改变，核深染等;红斑狼疮损害的上皮有过度角化，但增生不明显;白斑则上皮有明显的异常增生，扁平苔藓的上皮有角化过度或角化不全，有时且萎缩，基底细胞排列紊乱，液化或坏死，基底膜下有大量淋巴细胞浸润。
