经由多种途径进入胃的绦虫卵，在十二指肠中孵化成囊尾蚴，钻入肠壁经肠膜静脉进入体循环和脉络膜而进入脑实质，蛛网膜下腔和脑室系统，引起各种损害。
囊尾蚴病所引起的病理变化主要是由于虫体的机械性刺激和毒素的作用。囊尾蚴在组织内占据一定体积，是一种占位性病变;同时破坏局部组织，感染严重者组织破坏也较严重;囊尾蚴对周围组织有压迫作用，若压迫管腔可引起梗阻性变化;囊尾蚴的毒素作用，可引起明显的局部组织反应和全身程度不等的血嗜酸性粒细胞增高及产生相应的特异性抗体等。
