泌尿系统结核起源于肾，肾结核绝大多数起源于肺结核，少数起源于骨、关节结核或消化道结核。肺结核经血行擂散引起肾结核，男生殖系结核的发病与肾结核相同，均为身体其他器官结核病灶的继发性病变，结核杆菌由血液侵入男生殖系统。
在肾结核的基础上，结核杆菌由尿液侵入男生殖系统，因此也是肾结核的继发性病变，同时肾结核病变越严重，合并男生殖系结核的机会也越多，在一组143例肾结核病例中，粟粒性肾结核并发男生殖系结核为13%，干酪样肾结核中为58%，空洞型肾结核中为100%，目前认为男生殖系结核不论经血行感染或尿路感染往往由前列腺，精囊开始以后蔓延到输精管，再从输精管管腔或管壁淋巴管蔓延到附睾，在附睾尾部发生病变后再扩展到附睾的其他部分和睾丸，从血行感染的男生殖道结核可直接引起附睾结核，这种感染常在附睾头部开始，在临床上常 为尿路感染而血行感染较为少见。
