急性局灶性细菌性肾炎是肾实质的一种严重的急性感染，但感染灶尚未液化（化脓），它可侵犯一个或多个肾小叶，感染被认为仅局限于有肾内返流的肾小叶内，如这种炎性肿块得不到及时有效的治疗，炎性肿块将被液化而成肾皮质髓质脓肿，黄色肉芽肿性肾盂肾炎常与并发于慢性尿路感染，肾结石和尿路梗阻的肾内皮质髓质脓肿有关。
大部分成人的肾皮质髓质脓肿与肾结石，尿路梗阻或受损的肾脏有关，而在儿童仅与膀胱输尿管返流有关，糖尿病也是一个重要的诱发因素，特别是对成年患者，所有年龄组中，常见的致病为需氧的革兰氏阴性菌，它的发病机理为：细菌首先侵入髓质引起髓质感染，随后液化并侵入肾脏皮质，可能的并发症是脓肿穿破肾被膜而形成肾周脓肿。
