金黄色葡萄球菌侵入组织或血管内所致。脓肿主要由金黄色葡萄球菌引起。该细菌产生的血浆凝固酶使渗出的纤维蛋白原转变成纤维素，阻止病原菌的扩散。金黄色葡萄球菌还具有层粘连蛋白受体，因而可通过血管壁在远处形成迁徙性脓肿。
早期脓肿，细菌产生毒素使局部组织坏死，继而大量的中性粒细胞浸润并崩解释放蛋白水解酶使坏死组织液化并形成脓腔。经历一段时间后，脓肿周围可出现肉芽组织增生并包绕脓肿形成所谓“脓膜”，具有吸收脓液、限制炎症扩散的作用。
