主要指由基因或染色体异常所致的神经系统发育不良、畸形或先天性代谢Down综合征、Turner综合征。苯丙酮尿症、半乳糖血症、家族性黑朦性痴呆。神经纤维瘤病、结节性硬化及先天性脑积水、脑穿通畸形、小头畸形等。
妊娠前三个月是胎儿神经系统结构初步形成阶段，易遭受致病因素的损害，而导致明显的畸形。在胎儿期母体的感染(病毒、螺旋体、弓形体)、腹部外伤或放射线照射、精神活性物质中毒、甲状腺机能低下等内分泌疾病、妊娠毒血症、营养不良、缺氧等严重疾病均系精神发育迟滞的病因之一。
包括早产、难产、分娩过程中脑损伤，新生儿窒息及核黄疸等。
出生后头2年，脑发育最快，致病因素在此期内造成的脑损害也严重。学龄前是最关键时期，其次为小学年龄期。致病原因很多，如感染(特别是中枢神经系统的感染)、颅脑外伤、中毒、癫痫、营养不良、内分泌或代谢疾病及疫苗接种后脑炎等。
近年来研究表明：各种感觉器官的刺激是促进脑神经纤维发育增生的重要因素。发育期的社会环境因素，特别是婴幼儿期的教育都会影响脑发育。狼孩、猴孩的研究证明：婴幼儿期文化教育机会的剥夺，给脑正常发育带来的损害是以后任何精心教育也无法补救的。流行学调查发现低智商常与社会经济文化水平低、住房拥挤、家庭环境不稳定等有明显关系。
病因复杂。国外资料指出：约20%精神发育迟滞是由环境因素引起，25%由染色体异常或基因异常引起，一半以上患者找不出病因。还发现85%重度患者可找出生物学病因，如染色体异常、先天性疾病、代谢与内分泌异常、感染、中毒、外伤等物理性因素等。
