躯体疾病，特别是心血管疾病引起机体和脑部循环障碍，肺部疾患或贫血导致携氧能力不足，或机体在有害因素影响下出现微循环障碍等，均可导致脑供血，供氧不足而发生脑功能受损，这也是发生精神障碍的重要机制。
躯体疾病时，由于外源性物质如细菌，病毒，寄生物，化学物质，有害气体等侵入机体，其毒素或中间代谢产物直接作用于脑细胞，造成脑细胞受损而发生脑功能紊乱导致精神障碍。
某些细菌，病毒产生的毒素对中枢神经系统有很强的亲和力，更易导致精神障碍，而某些躯体疾病造成体内氨，吲哚，丙酮酸等毒性代谢产物堆积，影响脑的正常功能活动也是导致精神障碍发生的因素。
躯体疾病时，体液代谢与酸碱平衡紊乱如酸中毒，碱中毒，低钾血症和高氨血症，内分泌激素的改变如促肾上腺皮质激素，皮质醇，雌激素，孕激素，催乳素，甲状腺激素等水平的剧烈变化，以及某些维生素的不足等均可导致代谢酶活性障碍，进而影响新陈代谢，使能量供应不足，势必影响脑功能而出现神经精神障碍。
躯体疾病时，外源性有害因素包括生物性应激源和心理性应激源作用于机体，通过神经生理，神经生化，神经内分泌及免疫机制，产生一系列生理生化反应，在这些反应中，大脑或直接参与，或间接受累，致使其正常生理功能受到影响，导致精神障碍的发生。
躯体疾病时，某些有害物质，药物或机体必需物质不足可直接引起脑内单胺类递质代谢异常，如金属锰选择性地作用于苍白球及视丘，可抑制多巴胺脱羧酶的活性而使多巴胺含量减少，血紫质病及糙皮病伴发精神障碍时均发现有不同程度的色氨酸代谢障碍，肝性脑病的某些神经精神症状可能也与神经递质有关，在某些疾病过程中所产生的拟神经递质如羟苯乙醇胺和去甲新福林等，当它们干扰了去甲肾上腺素的传递时病人便会产生情绪，行为和意识障碍;在传递过程中当多巴胺被假神经递质取代后则可能出现扑翼性震颤或震颤性麻痹症状。
临床也可见到这样的事实，人群中罹患各种传染病的概率非常高，但只有极少数患者发生了传染病性精神障碍;相反，也有同一患者多次不同的躯体疾患中均出现同一形式的谵妄症状，这可能与遗传因素和个体素质或性格缺陷有关，如躯体疾病所致精神障碍有家族史者占2%～8%，高于普通群体;性格内向，急躁，固执，任性者躯体疾病时易发生精神障碍;大脑功能稳定性差者，如老年人及儿童躯体疾病时易发生谵妄等。
有研究显示多发性肌炎免疫反应部位开始在结缔组织，后波及肌肉，皮肤，血管壁，心肌，浆膜和神经系统等，在电镜观察下，在本病的肌肉及皮肤的血管内皮细胞内，发现有类似黏病毒或黏病毒的病毒样颗粒，但多发性肌炎伴发精神障碍的发病机制，尚缺乏证据，因为多发性肌炎伴发精神障碍属于躯体疾病伴发精神障碍，故躯体疾病伴发精神障碍的总发病机制是否可提供参考。
多发性肌炎是一种原因不明的结缔组织病，目前被认为是一种自身免疫性疾病，近年来认为细胞免疫缺陷有重要致病意义，有人认为本病与恶性肿瘤的关系密切，也有报道在40岁以上的皮肌炎患者有50%合并癌症，血管损伤可能有致病意义，感染，日晒，药物等因素可使其诱发，多发性肌炎是其伴发精神障碍发病的主要因素，导致精神障碍的脑功能紊乱继发于躯体疾病，然而患多发性肌炎的患者中仅少数发生精神障碍，故多发性肌炎并非为其伴发精神障碍的惟一病因，尚有其他因素与精神障碍的发生有关，如其他生物学因素，包括患者的性别，年龄，遗传因素，人格特征，以及既往的神经精神病史等;心理因素则包括应激状态，长期的心理矛盾等；环境因素，如居住拥挤，环境嘈杂，潮湿，空气污染等，以上因素均可成为多发性肌炎伴发精神障碍的促发因素。
