绝大多数心房梗死为冠状动脉粥样硬化性心脏病所致，此外，慢性阻塞性肺疾病合并肺心病，原发性肺动脉高压，肌营养不良，遗传性运动失调症等也可引起心房梗死，一些冠状动脉正常的患者发生心房梗死很可能系低氧血症及心房压力，容量负荷过重所致。
心房同心室一样，血液供应来源于冠状动脉分支，多数人在右冠状动脉发出多个分支，主要分支供应右房前壁及右心耳，尔后进入间隔达后壁，形成丛状环绕上腔静脉，有时，左冠状动脉发出的第1支，环绕左心耳底部向上至右房，最后加入环绕上腔静脉的血管丛，有些人的窦房结动脉起源于此，左心房前上部的血液供应可来自右冠状动脉的第2分支或左冠状动脉的分支，心房梗死多为穿壁性，其临床表现缺乏特异性。
心房心肌梗死主要累及右侧心房，右房心肌梗死约占81%～98%，左房心肌梗死约占2%～19%，双侧心房受累约占19%～24%，心耳部多被累及，约19%的病例为单纯心房心肌梗死而未累及心室部心肌，在Cushing等报告的31例心房梗死中，27例发生于右房，5例发生于左房梗死中，3例为左心耳受累，在此31例心房梗死中，仅2例累及窦房结，令人感兴趣的是31例心房梗死中，6例为单纯性心房梗死，即不合并心室梗死，心房梗死的部位常位于房室沟附近，由于此处房壁很薄，故心房梗死常为穿壁型，心房梗死的镜下所见与心室梗死相同，附壁血栓形成常见于大面积的心房梗死。
