结核菌属于放线菌目，分枝杆菌科的分枝杆菌属，为有致病力的耐酸菌，主要分为人，牛，鸟，鼠等型，对人有致病性者主要是人型菌，牛型菌少有感染，结核菌形态细长弯曲，两端钝圆，无芽孢或荚膜，无鞭毛，长约1～5μm，宽0.2～0.5μm，在标本中呈分散状或成堆或互相排列成链状，结核杆菌为需氧菌，在缺氧情况下不繁殖，但仍能生存较长时间，在良好的条件下，约18～24h繁殖一代，菌体脂质成分约占其重量的1/4，染色时呈耐酸性，结核菌对干燥和强酸，强碱的抵抗力很强，能较长期存在于外界环境中，在痰内可存活20～30h，阴湿处存活6～8个月，但对湿热的抵抗力很低，煮沸5min或在阳光下直接曝晒2h即可杀灭，紫外线消毒效果较好，人型与牛型结核菌株皆是专性寄生物，分别以人与牛类为天然储存宿主，两者对人，猴和豚鼠有同等强度的致病力，结核菌对药物的耐药性，可由菌群中先天耐药菌发展而形成，也可由于在人体中单独使用一种抗结核药而较快产生对该药的耐药性，即获得耐药菌，耐药菌可造成治疗上的困难，影响疗效，结核杆菌长期接触链霉素还可以产生依赖性，即所谓赖药性，但赖药菌在临床上很少见。
肝结核是由各种肝外结核菌播散到肝脏所致，有时因肝外原发灶较小或已痊愈，不能查出原发病灶，据统计能查到原发灶者仅占35%。
肝脏血运和淋巴丰富，一般进入人体的结核杆菌均能到达肝脏，但肝脏的再生修复能力较强，并且具有丰富的单核吞噬细胞系统，胆汁也有抑制结核菌生长的作用，因此并非侵入肝脏的结核菌都能形成病灶，只有当机体免疫功能低下或大量结核菌侵入肝脏或肝脏本身存在某些病变，如脂肪肝，肝纤维化，肝硬化或药物损伤时才较容易发生肝结核。
近年发现人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者或其患者肝结核发病率显著增加，提示细胞免疫在肝结核的发生发展中占有重要地位。
结核杆菌侵入肝脏的途径有：①肝动脉：为引起肝结核的主要途径，全身血行播散性结核病，或身体任何部位的活动性结核病灶，由于机体免疫力降低，或由于某些局部因素，结核病灶破溃，结核杆菌进入血液循环，经肝动脉进入肝脏，②门静脉：少数肝结核病可经门静脉途径感染，门静脉系统源头的器官或组织结核病如肠结核或肠系膜淋巴结结核病灶中的结核杆菌通过门静脉而侵入肝脏，③脐静脉：胎儿期胎盘结核病灶中的结核杆菌通过脐静脉进入胎儿体内引起先天性肝结核，④淋巴系统：肝内淋巴管直接与腹腔淋巴丛，腹膜后淋巴结相通，故腹腔内结核可经淋巴入肝形成感染灶，⑤直接蔓延：肝脏邻近器官组织的结核病灶可直接侵及肝脏。
肝结核的基本病理变化为肉芽肿，可因侵入的结核菌数量，部位和机体免疫功能状态等因素的差异发展成不同的病理类型，一般可分为：①粟粒型：最常见，为全身血行播散性粟粒型结核的一部分，病变为粟粒大小至2cm，质硬，呈白色或灰白色多发小结节，广泛散布于全肝，此型病情严重，临床诊断困难，多为尸检或剖腹探查时发现，②结节型：较少见，病灶比较局限，形成2～3cm以上，质硬，灰白色的单发或多发结节，甚至融合成团块，酷似肿瘤，又称结核瘤，③脓肿型：结核病灶中心坏死形成白色或黄白色干酪样脓液，可单发或多发，脓腔多为单房，多房少见，④胆管型：肝结核病变累及胆管或脓肿破入胆管形成胆管结核病变，表现为胆管壁增厚，溃疡或狭窄，此型很少见，⑤肝浆膜型：表现为肝包膜发生粟粒性结核灶或包膜增生肥厚形成所谓的“糖衣肝”，较为罕见。
