急性肺脓肿的感染细菌，为一般上呼吸道，口腔的常存菌，常为混合感染，包括需氧和厌氧的革兰氏阳性与阴性球菌与杆菌，其中最常见的病原菌为葡萄球菌，链球菌，肺炎球菌，梭形菌和螺旋体等，厌氧菌对肺部化脓性感染的重要性，由于培养技术的改进，近年来才被重视，Gorbach和Bartlett等1974年报告，吸入性肺炎与肺脓肿的厌氧菌感染约占85%～90%，Bartlett等报告45例急性肺脓肿分离出114株厌氧菌的资料，纯属厌氧菌感染者占58%，需氧菌和厌氧菌混合感染者占42%，较重要的厌氧菌有胨链球菌，胨球菌，核粒梭形杆菌，类杆菌属，瓦容球菌，螺旋体等，除上述厌氧菌外，还有需氧或兼性厌氧菌存在，近年国外报道嗜肺军团杆菌所致肺炎，约有25%形成脓肿。
肺脓肿的发病原理与病因有密切关系，可分以下几种。
吸入性肺脓肿病原体经口，鼻咽腔吸入，为肺脓肿发病的最主要原因，扁桃体炎，鼻窦炎，齿槽脓溢或龄齿等脓性分泌物，口腔，鼻，咽部手术后的血块;齿垢或呕吐物等，在神志昏迷，全身麻醉等情况下，经气管被吸入肺内，造成细支气管阻塞，病原菌即可繁殖致病，此外，有一些患者未能发现明显诱因，国内和国外报告的病例分别为29.3%和23%，可能由于受寒，极度疲劳等诱因的影响，全身免疫状态与呼吸道防御功能减低，在深睡时吸入口腔的污染分泌物而发病，本型常为单发型，其发生与解剖结构及体位有关，由于右总支气管较徒直，且管径较粗，吸入性分泌物易吸入右肺，故右肺发病多于左肺，在仰卧时，好发于上叶后段或下叶背段，在坐位时，好发于下叶后基底段，右侧位时，好发于右上叶前段和后段形成的腋亚段。
血源性肺脓肿皮肤创伤，感染，疖痈，骨髓炎，产后盆腔感染，亚急性细菌性心内膜炎等所致的败血症和脓毒血症，病原菌(多数为金葡菌)，脓毒栓子，经小循环带至肺，引起小血管栓塞，肺组织发炎和坏死，形成脓肿，病变常为多发性，无一定分布，常发生于两肺的边缘部。
继发性肺脓肿多继发于其他疾病，如金黄色葡萄球菌和肺炎杆菌性肺炎，空洞性肺结核，支气管扩张，支气管囊肿和支气管癌等继发感染，可引起肺脓肿，肺部邻近器官化脓性病变或外伤感染，膈下脓肿，肾周围脓肿，脊柱旁脓肿，食管穿孔等，穿破至肺亦可形成脓肿。
阿米巴肺脓肿多继发于阿米巴肝脓肿，由于肝脓肿好发于肝右叶的顶部，易穿破膈肌至右肺下叶，形成阿米巴肺脓肿。
早期细支气管阻塞，肺组织发炎，小血管栓塞，肺组织化脓，坏死，终至形成脓肿，病变可向周围扩展，甚至超越叶间裂侵犯邻接的肺段，菌栓使局部组织缺血，助长厌氧菌感染，加重组织坏死，液化的脓液，积聚在脓腔内引起张力增高，最后破溃到支气管内，咳出大量脓痰，若空气进入脓腔，脓肿内出现液平面，有时炎症向周围肺组织扩展，可形成一致数个脓腔，若脓肿靠近胸膜，可发生局限性纤维蛋白性胸膜炎，引起胸膜粘连，位于肺脏边缘部的张力性脓肿，若破溃到胸膜腔，则可形成脓气胸，若支气管引流下畅，坏死组织残留在脓腔内，炎症持续存在，则转为慢性肺脓肿，脓腔周围纤维组织增生，脓腔壁增厚，周围的细支气管受累，致变形或扩张。
