(一)发病原因
引起MVT的病因较为复杂，有学者将病因分为继发性与原发性两大类：
1.继发性因素 MVT常继发于以下疾病：
(1)肝硬化并发门静脉高压症：由于门静脉高压导致肠系膜静脉血流缓慢，故有时易发生血栓形成。
(2)腹腔脏器的感染：如急性阑尾炎，急性胰腺炎，小肠炎症性病变，脏器穿孔，腹部手术后败血症，腹腔脓肿或盆腔脓肿等，这些炎症性病变可直接影响肠系膜静脉血流或者系细菌毒素及其释放的凝血因子的作用而引起MVT。
(3)肠系膜静脉血流变化或血管损伤：包括腹部手术，腹部外伤和放射性损伤，有学者发现脾切除术后，门腔静脉分流术后均可诱发MVT，已证实部分病人脾切除术后有血小板增多现象从而增加了血液的凝固性因素，血液的黏稠度也增加。
(4)腹部闭合性损伤偶可损伤肠系膜静脉而发生MVT。
(5)血液高凝状态：有认为腹部恶性肿瘤如少数胰腺癌，结肠癌患者可伴有血液高凝状态，而易发生MVT，此外，长期服用避孕药也可引起MVT，其原因也与血流变化有关。
(6)其他少见的原因：包括充血性心力衰竭，真性红细胞增多症，心肌梗死和糖尿病等。
2.原发性因素 既往对无上述继发性因素的MVT患者称为原发性或特发性肠系膜血栓形成，但近年来的研究发现，约近半数的原发性或特发性MVT患者有周围静脉发生血栓性静脉炎的既往史或有血栓栓塞家族史，故认为MVT可能是血栓性静脉炎的一个特殊类型，此外，遗传性的高凝血状态如缺乏C蛋白，S蛋白或抗凝血酶原Ⅲ可解释许多原发或特发性病例，因此，对不明原因的MVT患者应行凝血及抗凝血因子的测定，以确定MVT的发生是否系遗传性或先天性凝血系统功能障碍所致。
(二)发病机制
多数MVT是发生在肠系膜上静脉所发出的分支内，一般不发生于主干内，而发生在肠系膜下静脉者仅为5%～6%，MVT发生后多为节段性小肠梗死，少数为全小肠受累，大肠因经肾静脉，脾静脉，奇静脉与体循环之间有侧支循环，故MVT发生后，大肠极少发生梗死，受累的肠段因血液循环受阻，肠黏膜表现为充血，水肿，出血及黏膜局灶性坏死，小肠壁增厚，肠腔内充满暗红色血液，受累肠段的肠系膜也明显增厚，呈橡胶样变，肠系膜小动脉常呈痉挛及血流缓慢表现但并无闭塞。
