化脓性眼内炎的致病菌主要为细菌和真菌，以细菌更为常见，以往眼内炎以毒力较强的致病菌如金黄色葡萄球菌，溶血性链球菌和铜绿假单胞菌多见，近半个世纪以来，由于抗生素，激素和免疫抑制药的广泛使用，人工晶状体植入术的普及以及实验室检查技术的提高，眼内炎致病菌的种类变得繁多，常见致病菌也有了变化，一些条件致病菌如表皮葡萄球菌，白色葡萄球菌，蜡样芽孢杆菌等逐渐占据显著地位，真菌感染也日益增多，根据上海复旦大学附属眼耳鼻喉科医院统计，眼内炎玻璃体标本共207份(眼)，细菌培养阳性的81份(阳性率39.1%)，菌种依次为表皮葡萄球菌18眼(占22%)，真菌(主要是曲菌和白色念珠菌)12眼(15%)，链球菌12眼(15%)，白色葡萄球菌11眼(14%)，蜡样芽孢杆菌10眼(12%)，金黄色葡萄球菌5眼(6%)和铜绿假单胞菌3眼(4%)，其中表皮葡萄球菌，真菌，白色葡萄球菌，蜡样芽孢杆菌等是常见的致病菌。
外源性眼内炎为有外伤或内眼手术史，并且有一定的潜伏期，眼内手术后眼内炎占全部眼内炎的10%～20%，其中白内障囊外摘除联合人工晶体植入术 0.1%，玻璃体手术0.1%，抗青光眼手术5%～8%，病原体主要来自眼睑和结膜囊，以革兰阳性球菌为主，占70%，其中表皮葡萄球菌40%，金黄色葡萄球菌20%，链球菌10%;穿孔伤(包括眼内异物)后眼内炎占全部眼内炎的40%以上，其中细菌占74%，真菌占26%，农业性外伤要考虑真菌感染可能。
有体表如皮肤或体内如脑膜，心内膜，消化道，尿道及肺部等感染性病灶，致病菌经血循环转移至眼内，常伴有发热，白细胞计数及中性粒细胞增高等败血症史，常见致病菌为链球菌，流感嗜酸杆菌，脑膜炎奈瑟菌等，大手术后，糖尿病患者，免疫功能低下和长期应用激素和抗生素者为眼内炎的高危人群，尤其要警惕真菌感染。
