肌肉运动失调(30%)：
咽食管憩室常不是单一因素造成的，多由于环咽肌和食管肌肉运动失调、失弛缓或其他运动异常，在上述解剖基础上造成粘膜膨出而形成憩室。
食物刺激(20%)：
极少数咽食管憩室发生癌变，可能是由于长期食物及分泌物刺激所致，患者习惯性地压迫憩室以利于憩室排空，也可能是癌变的一个原因。在服钡造影时如发现憩室内壁不规则，应高度怀疑憩室癌变，需进一步检查。
淋巴结炎症(20%)：
食管中段憩室可以是膨出型或牵出型，多数是牵出型憩室，食管中段膨出型憩室与膈上憩室的病因和表现完全相似，而牵出型憩室是由于支气管旁淋巴结炎症或结核引起瘢痕牵引所致，它具有食管的全层组织，包括粘膜、粘膜下层和肌肉层，颈宽底窄形似帐篷。牵出型憩室多发生在气管分叉部的食管前壁和右侧壁。有些作者认为一部分与食管运动异常无关的食管中段憩室是先天性的肠源性囊肿或食管重复。
发病机制
食管憩室的发生机制曾有种种争议，Zenker’s憩室一向认为是咽与上食管肌群舒缩失调所致，Knuff等应用特别设计的压力记录系统研究了9例Zenker’s憩室病例和15例无上食管病的对照者，但未找到咽与上食管肌群活动不协调的证据，最近Cook等对14例Zenker’s憩室病例和9名对照者同时应用电视透视和压力计进行研究，在压力导管中埋置不透射线的标志，于不同部位和不同时间同步记录收缩与松弛的活动，结果发现，憩室患者和对照者之间没有差异，与对照者相比，憩室患者上食管括约肌松弛正常，但最大开放尺度显著减少，认为这种憩室是由上食管括约肌开放减少，从而增加咽下压力，以致憩室形成，并非咽食管肌群不协调或异常括约肌松弛引起，食管中段憩室多因食管周围的炎症与粘连造成，因而属牵引型，以结核病居多，也可见于硬皮病患者，膈上憩室常伴有食管裂孔疝，可能与反流性食管炎有关，食管壁内假性憩室多因黏膜下腺体炎症，炎症细胞浸润压迫腺管，造成腺体阻塞，扩张形成囊袋，故多继发于食管痉挛，胃食管反流和念珠菌病等，Watarai等最近报道，尚有先天性食管壁内假性憩室病例。
