功能性消化不良病人的症状往往与饮食有关，许多患者常常主诉一些含气饮料，咖啡，柠檬或其他水果以及油炸类食物会加重消化不良，虽然双盲法食物诱发试验对食物诱因的意义提出了质疑，但许多患儿仍在避免上述食物并平衡了膳食结构后感到症状有所减轻。
部分功能性消化不良的患者会出现溃疡样症状，如饥饿痛，在进食后渐缓解，腹部有指点压痛，当给予制酸剂或抑酸药物症状可在短期内缓解，这些都提示这类患者的发病与胃酸有关。
功能性消化不良患者中大约有30%～50%经组织学检查证实为胃窦胃炎，欧洲不少国家将慢性胃炎视为功能性消化不良，认为慢性胃炎可能通过神经，体液因素影响胃的运动功能，也有作者认为非糜烂性十二指肠炎也属于功能性消化不良，应当指出的是，功能性消化不良症状的轻重，并不与胃黏膜炎症病变相互平行。
Hp是一种革兰阴性细菌，一般定植于胃的黏液层表面，无症状成人中Hp的感染率在35%以上，90%以上的十二指肠溃疡病人存在Hp，铋剂加抗生素可以根除Hp，使组织学胃炎消退，还可以使溃疡的复发率从每年的80%以上降低至每年10%以下，所以Hp是十二指肠球部溃疡和慢性胃窦炎的重要原因。
许多功能性消化不良的病人对生理或轻微有害刺激的感受异常或过于敏感，一些病人对灌注酸和盐水的敏感性提高；一些病人即使在使用了H2受体拮抗药阻断酸分泌的情况下，静脉注射五肽胃泌素仍会发生疼痛，一些研究报道，球囊在近端胃膨胀时，功能性消化不良病人的疼痛往往会加重，他们疼痛发作时球囊膨胀的水平显著低于对照组。
心理学因素是否与功能性消化不良的发病有关一直存在着争议，国内有学者曾对186名FD患者的年龄，性别，生活习惯，文化程度等进行了解，并作了焦虑及抑郁程度的评定，结果发现FD患者以年龄偏大的女性多见，它的发生与焦虑，抑郁有较明显的关系，但目前尚无确切的证据表明功能性消化不良症状，与精神异常或慢性应激有关，功能性消化不良病人重大生活应激事件的数量也不一定高于其他人群，但很可能这些病人对应激的感受程度要更高，所以作为医生，要了解病人的疾病就需要了解病人的性格特征，生活习惯等，这可能对治疗非常重要。
(1)胃食管反流性疾病(GERD)：烧心和反流是胃食管反流的特异性症状，但是许多GERD病人并无此明显症状，有些病人主诉既有烧心又有消化不良，目前有许多学者已接受了以下看法：有少数GERD病人并无食管炎，许多GERD病人具有复杂的消化不良病史，而不仅是单纯烧心与酸反流症状，用食管24hpH监测研究发现 ，约有20%的功能性消化不良病人和反流性疾病有关，最近Sandlu等报告，20例小儿厌食中，12例(60%)有胃食管反流，因此，有充分的理由认为胃食管反流性疾病和某些功能性消化不良的病例有关。
(2)吞气症：许多病人常下意识地吞入过量的空气，导致腹胀，饱胀和嗳气，这种情况也常继发于应激或焦虑，对于此类病人，治疗中进行适当的行为调适往往非常有效。
(3)肠易激综合征(IBS)：功能性消化不良与其他胃肠道紊乱之间常常有许多重叠，约有1/3的IBS病人有消化不良症状;功能性消化不良病人中有IBS症状的比例也近似。
