人类很容易被结核菌感染，但人体对感染的反应一方面取决于细菌的数量与毒力的大小，另一方面很大程度上取决于免疫力的强弱，因此，患者被结核菌感染后的反应与以往是否有过感染及由感染引起的免疫反应有关，第1次感染称原发感染或初次感染，在体内已建立免疫反应或迟发性过敏反应后发生的感染称为原发后感染(post-primary infection)或再感染，两者在体内的反应是不相同的，一般在初次结核感染3～4周后，随着体内细胞免疫或迟发性过敏反应的建立，早期的非特异性炎症反应被肉芽肿性结核结节所取代，结节主要由淋巴细胞，巨噬细胞组成，中心常有干酪样坏死，此时90%的患者感染被控制，播散被遏制，这类患者虽被结核菌感染，但由于免疫力较强，未发展成结核病，临床也无表现，只有少数小儿及免疫力低下的成人可直接由原发感染发展成结核病。
肾结核几乎都继发于肺结核感染，也偶见继发于骨关节，淋巴及肠结核，结核杆菌到达肾脏的途径有4种，即经血液，尿路，淋巴管和直接蔓延，后两种径路的感染比较少见，只在特殊情况下发生，经尿路感染也只是结核病在泌尿系统的一种蔓延，不是结核菌在泌尿系统最初引起感染的途径，结核杆菌经血行到达肾脏，是已被公认的最主要和最常见的感染途径，而肾结核的血行感染以双侧同时感染机会较多，但在病情发展过程中，一侧病变可能表现严重，而对侧病变发展缓慢，如果患者抵抗力降低，病情迅速发展，可能表现为双侧肾脏严重病变，病理检查证明80%以上的病例是双侧感染，但实际上因大多数患者对侧轻度病变能自行愈合，所以临床上所见的肾结核多以单侧为主，约占85%以上，而双侧肾结核在临床上约占10%。
