依据病史，临床表现，干版照像，核素扫描及动脉造影应想到此病，最后诊断靠病理证实。
根据不同的发病部位和不同的临床表现可进行诊断鉴别。
1、头部，头颈部横纹肌肉瘤在小儿多为胚胎型，在耳、鼻及鼻窦则为葡萄状肉瘤。患儿都以肿块就诊，其症状有眼球突出、声音改变、吞咽困难、呼吸梗阻、咳嗽及外耳道有分泌物。如侵及神经，则发生返酸疼痛，肿瘤的膨胀及浸润性生长，可使症状加重，出现脑症状。如发生转移，则产生相应的症状。
2、眼眶，横纹肌肉瘤可来自眼肌或泪腺，多见于7～8岁男孩，引起单侧突眼。病情进展迅速，1/3患儿发生上睑下垂，10%患儿伴头疼，X线片可见骨质破坏。诊断应与包括白血病和神经母细胞瘤相鉴别。
3、耳，肿瘤可发生于外耳道、中耳、乳突或副鼻窦，常只侵犯一耳，对侧正常，常有单侧听力丧失，往往不引起注意。
应与耳道炎症性息肉、耳内炎症相鉴别。较少见的是耳后外侧肿块，生长迅速，偶有以面神经麻痹为主诉的，眩晕是相当晚期的症状，肿瘤从中耳扩散到乳突，并通过内板侵入后颅窝。
4、口、颈，根据类型不同，易混淆的疾病应当了解鉴别。
胚胎性横纹肌肉瘤包括梭形细胞、葡萄状及间变性横纹肌肉瘤，易与非霍奇金氏淋巴瘤和纤维肉瘤等肿瘤相混淆。
胚胎型横纹肌肉瘤起源于口底、舌、悬雍垂、软腭、鼻咽、喉、唇、鼻、龈、颞、颊、下颌肌肉、腮腺及颈部肌肉。表浅者表现为单纯性无痛肿块，早期可误诊为良性肿瘤。
幼儿喉部肿瘤可引起声音嘶哑及急性呼吸道梗阻。
