鉴别诊断需要密切结合病史注意各个发展阶段的病变特点，对于疑难病例需要活组织切片检查，才能最后确定诊断。
1、与鳞状细胞癌的鉴别，有以下几点可供参与：
（1）鳞状细胞癌恶性程度比基底细胞癌为高，进展也较快，对病程缓慢的病变应首先考虑基底细胞癌，反之，病程短，发展快，成菜花样生长的肿块，要先考虑鳞状细胞癌。
（2）在两种肿瘤都有溃疡形成的情况下，首先是基底细胞癌的溃疡外表引人注意：硬底，基底较浅而平，边缘参差不齐，内卷，而鳞状细胞癌的溃疡则常深浅不一，基底高低不平，边缘比较饱满，甚至外翻。
（3）基底细胞癌含有色素的百分率比鳞状细胞癌者为高，对含有色素的病变，除色素瘤外，要先考虑基底细胞癌，鳞状细胞癌的结节表面因含有大量的角化物质，所以颜色一般不发黑。
（4）基底细胞癌基本上不转移，鳞状细胞癌可以通过淋巴管转移至前淋巴结和颌下淋巴结，故有淋巴结转移时，则要考虑鳞状细胞癌。
2、与恶性黑瘤的鉴别的鉴别：恶性黑色素瘤病程较短，发展较快，病变附近色素弥漫，血管充盈，可在短时间内发展为巨大肿块，表面有细小裂痕出现，病变很小时即有血水流出。
