本病需与其他原因引起的腹泻相鉴别，如细菌性腹泻，阿米巴肠病等。
肠阿米巴病不应忽视，因阿米巴病缺乏特殊的临床表现，该病起病较慢，中毒症状较轻，容易反复发作，肠道症状或痢疾样腹泻轻重不等 故对肠道紊乱或痢疾样腹泻而病因尚未明确，或经磺胺药，抗生素治疗无效应疑为本病。
确诊前做粪便检查：⑴活滋养体检查法；⑵包囊检查法。
