(一)细菌性痢疾 典型菌痢有高热，腹痛腹泻，泻脓血便，腹痛在下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重，粪检有较多脓细胞，吞噬细胞，重者常脱水，这都有利于和本病区别。
(二)其它细菌所致腹泻，如鼠伤寒，致病性大肠杆菌，耶氏菌，亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别，怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。
(三)肠道外感染者须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。
