诊断
根据Leinbach诊断标准主要为：
①周围血嗜酸粒细胞增多。
②摄食后导致胃肠道症状与体征出现。
③组织学证实胃肠道有嗜酸粒细胞增多或浸润，鉴于本病胃肠道表现缺乏特异性，故诊断时应注意既往过敏史，周围血（腹水或活组织检查）嗜酸粒细胞增多，配合胃肠道X线钡餐，纤维内镜进行诊断，为了早期诊断，凡出现不能解释的胃肠道症状，尤其个人或家族中有过敏性疾患史者或进食某类食物，摄入某些药物后出现或加重胃肠道症状及体征，周围血嗜酸粒细胞增多者，应考虑本病的可能，血，腹水中发现嗜酸性粒细胞增多，纤维内镜检查病变明显充血，水肿，活检发现多块标本有较多的嗜酸细胞浸润或禁食可疑食物，用糖皮质激素治疗可使症状缓解时，可考虑嗜酸性腹水或嗜酸性胃肠炎的诊断。
鉴别诊断
1.继发性周围血嗜酸性粒细胞增多症
引起周围血嗜酸性粒细胞增多的原因很多，如过敏，寄生虫感染，化学药物因素，何杰金氏病，包囊虫病囊破裂等，但各有其特殊表现，参考一定实验室检查常可资确诊。
2.Crohn病
本病可有恶心，呕吐，腹痛，腹泻，尤其当X线显示粘膜有水肿，肠壁增厚表现为回肠结肠炎者，应与Crohn病进行鉴别，周围血嗜酸细胞增多则提示嗜酸性胃肠炎；肠道有瘘管，狭窄的存在或肠炎性疾病的继发表现（口炎，关节炎等）则提示为Crohn1病。
3.高嗜酸性粒细胞综合征
高嗜酸性粒细胞综合征除外周血嗜酸性粒细胞增高外，还伴有多系统多器官受累，如心，脑，肾，肺及皮肤，也可累及胃肠道，出现广泛的胃肠道嗜酸性粒细胞浸润，本病病程短，预后差，因此，如有明显的胃肠道以外器官受累的临床表现，应考虑本综合征。
4.胃肠道恶性肿瘤，恶性淋巴瘤
本病嗜酸性肉芽肿型，有肝，脾，淋巴结肿大时须与组织嗜碱细胞性白血病相鉴别，后者又名肥大细胞性白血病，较为罕见，系肥大细胞恶性增生性疾病，临床表现有3个阶段：
①色素性荨麻疹。
②全身性组织嗜碱细胞增多症。
③组织嗜碱细胞性白血病，病程可长达数年，一旦进入第三阶段，生存仅存～9个月，诊断上主靠活检，皮肤，肝，脾，淋巴结有组织嗜碱细胞浸润或周围血与骨髓发现大量组织嗜碱细胞。
此外，嗜酸性肉芽肿，还须与嗜酸细胞增生性淋巴肉芽肿进行鉴别，后者血中嗜酸性细胞有增多，甚至受累的皮肤和皮下组织有轻度嗜酸细胞浸润，不同者：嗜酸性细胞增生性淋巴肉芽肿，多伴有局部或全身浅表淋巴结橡皮样肿大；常有皮肤干燥，色素沉着，脱皮，萎缩等病变；血象除嗜酸性细胞增多外，有相对性淋巴细胞增高；病变特点是有大量嗜酸性细胞增高，同时淋巴细胞增生并有单核细胞浸润；对深部X线放射治疗较为敏感。
由于本病可致消化道梗阻，因此，任何胃肠道疾病致之梗阻均应考虑到本病的可能性。
