根据病史，临床表现和实验室检查，一般不难诊断，痰或胸腔积液找到病原虫可确诊，当超声波检查确定有肝脓肿时，应做肝穿刺，若脓液为巧克力色或查到阿米巴原虫，对本病诊断有重要意义。
本病应与细菌性肺脓肿，癌性空洞，细菌性脓胸等鉴别。
