许多过敏性结膜炎缺乏特征性的症状与体征，诊断时需要仔细询问病史，如家族及个人过敏史、用药史、接触镜配戴史、发病的季节、发病的时间与快慢、病程的长短等，同时密切结合其临床表现，必要时需辅以实验室检查。
对一些不典型的病例可作结膜的病理活检或结膜刮片做细胞学检查，大多数病例发作期常见较多嗜酸性粒细胞，或由于嗜酸性粒细胞变性崩解核消失，而遗留成堆的嗜酸性颗粒，同样有诊断意义(图1B)，此外可作血清或泪液的IgE含量测定，不但可协助诊断，还可作预测病程的指标。
鉴别诊断
1.干眼综合征 变应性结膜炎特别难以与干眼综合征相鉴别，因为两种疾病都存在间歇性加重的轻度结膜血管扩张和烧灼感，在变应性眼病的症状中很少有异物感，但在干眼症则很常见，干眼患者有发生变应性结膜炎的趋向，原因是泪液在结膜表面的稀释和冲洗变应原的能力受到了破坏，眼睑炎，睑板腺肿大和睑缘炎可能与葡萄球菌感染和(或)皮脂溢有关，与眼睑炎相关的症状和体征有烧灼感，眼睑红斑，结膜充血，泡沫状泪膜，眼睑秕糠和睑缘碎屑等。
2.感染性结膜炎 无季节性，睡醒时较重，早晨起床时，睫毛和眼睑常常粘在一起，其分泌物为浆液性和脓性不等，致病菌包括淋病奈瑟菌，脑膜炎奈瑟球菌，肺炎链球菌，流感嗜血杆菌，葡萄球菌属，莫拉菌，衣原体和病毒，结膜刮片显示上皮细胞浆内嗜碱性包涵体是衣原体感染的特征，相反，变应性结膜炎通常有季节性，分泌物多呈黏丝状或黏稠状，细菌培养阴性。
3.特应性角结膜炎：可发生于各年龄组，常伴有严重的并发症，临床症状和体征为伴随严重痒感和烧灼感的慢性渗出性结膜炎。临床检查发现睑缘增厚，角膜病变(包括血管翳，角膜炎和溃疡)和慢性红眼，常伴随圆锥角膜，囊下和极性白内障，以及易发葡萄球菌和单纯疱疹病毒感染，同时伴有特应性皮炎，特别是眼睑皮肤和眼附属器的炎症。
