由于CIN常缺乏典型的临床表现，根据临床检查难以诊断CIN，目前趋于借助多种辅助诊断方法的联合使用，但最后确诊须靠病理检查，宫颈细胞学涂片+宫颈多点活检(碘染，肉眼观察VIA或阴道镜下)+颈管刮术已成为CIN和早期宫颈癌普遍采用的综合早诊方法，近年来早诊技术方面有较大进展。
宫颈上皮内瘤变应与正常化生及亚临床湿疣鉴别。
CIN经巴氏宫颈细胞学涂片染色可在显微镜下进行鉴别，在细胞学制片中观察单个细胞的改变进行CIN诊断和分级，组织学诊断还可观察到整个组织的其他特征，细胞学评价CIN基于细胞核和细胞质的改变，经常很难判断(图5)。
所有不典型增生细胞核不同程度增大和形态多样是公认的，另一个主要的特点是核深染，核染色体分布不均形成团块状，有丝分裂象和核仁较少见，表层或中层细胞出现异常核仁多为低度CIN，而附基底层和基底层核仁异常则为高度CIN，胞浆量和核大小的关系(核浆比例)是评价CIN级别的最重要依据之一，核浆比例增高，CIN级别越高，同一张细胞学涂片中经常出现各种变化的细胞，包括有诊断争议的细胞，需有经验的细胞学专家鉴别。
