1、沙门菌肺炎
弗劳地枸橼酸杆菌菌血症的表现可类似伤寒的临床表现，沙门菌也可引起肺炎，两者均可有肥达氏反应阳性，因此，临床上应注意两者区别，沙门菌引起的肺炎表现非常不典型，与枸橼酸杆菌肺炎相似，如可有畏寒，发热，咳嗽，咳痰，双肺可闻及湿性啰音，胸片示肺叶，段性肺炎或伴有肺脓肿形成，临床上常难以鉴别，但痰，胸水，血或大小便可培养出沙门菌，肥达反应“O”在4倍以上等可与枸橼酸杆菌肺炎鉴别。
2、其他革兰阴性杆菌肺炎
枸橼酸杆菌肺炎与克雷白杆菌肺炎，铜绿假单胞菌肺炎，变形杆菌肺炎，沙雷菌肺炎及摩根摩根菌肺炎的表现均相似，特别是在医院获得性感染中，克雷白杆菌肺炎的典型表现如红砖样痰，铜绿假单胞菌肺炎的黄绿痰均缺乏，因此，鉴别主要依据血，痰，胸水及下呼吸道分泌物细菌学检查，有时它们之间常存在混合感染，特别是继发性枸橼酸杆菌肺炎者，应引起注意。
