1.亚急性甲状腺炎
在早期很难鉴别，甲状腺部位逐渐或突然疼痛肿胀，常有病毒感染史，发热，严重病例表面皮肤有红斑和热，轻到中度甲状腺肿大(常常不对称)，不侵及邻近组织，甲状腺明显触痛，急性期血沉加快，甲状腺功能升高，吸碘率降低，有甲状腺毒症表现，白细胞升高不常见，阿司匹林常常能缓解症状，类固醇激素效果更好，常常是自限性，持续数周至数月，不需要外科治疗，可有暂时性甲状腺功能低下，发热，白细胞增加，核左移，甲状腺功能正常提示急性甲状腺炎的诊断，超声和CT的应用有助于早期发现脓肿以明确诊断。
2.急性感染性疾病
急性化脓性淋巴结炎，感染性甲状舌管或鳃裂囊肿，喉软骨炎，前颈部蜂窝织炎或脓肿，路德维希咽峡炎(脓性颌下腺炎)，咽后间隙脓肿，甲状软骨膜炎。
3.恶性肿瘤
迅速增长的未分化甲状腺癌与AST有类似的临床表现，颈前区疼痛，触痛，发热，呼吸困难，诊断时年龄较大，甲状腺右叶受累，病变范围大，贫血，甲状腺穿刺液的无菌培养，抗生素不能改善症状应怀疑恶性肿瘤，甲状腺活检组织学检查能明确诊断，转移癌，未分化甲状腺癌和食管癌因为肿瘤坏死或有瘘管通向甲状腺部位，喉癌伴软骨侵袭可有类似AST的表现。
4.甲状腺腺瘤，囊肿或甲状腺癌急性出血。
