根据本病仅累及下运动神经元，四肢呈进行性弛缓性瘫痪，近端重于远端，下肢重于上肢等临床表现，结合颈椎或腰椎影像学未见与临床相一致的表现，以及肌电图，肌肉病理检查等特点，一般不难做出诊断。
如有阳性家族史则更支持诊断，基因检测可为确立诊断提供可靠的证据，依据临床特点，发病年龄，预后和遗传方式等再做出分型诊断。
鉴别诊断
1.新生儿型重症肌无力
其母均为重症肌无力患者，此与母亲血液中抗Ach受体抗体通过胎盘到达胎儿体内有关，一般于出生后即表现吸吮困难，哭声无力，四肢运动减少等症状，多数患儿于2～6周内症状逐渐好转，且用胆碱酯酶抑制剂治疗有效。
2.先天性肌张力不全(Oppenheim病)
出生后出现肌张力低下，未见肌肉萎缩，肌电图及肌肉活检均无异常。
3.进行性肌营养不良
一般在SMA-Ⅱ，Ⅲ型患儿中需注意与Duchenne型或Becker型肌营养不良进行鉴别，后者几乎均有假性肥大征象，其血清CPK极高，特别在病程的早期阶段，EMG和肌肉活检均呈肌源性损害，故一般鉴别并不困难，SMA-Ⅳ型易与肢带型肌营养不良和多发性肌炎等混淆，但从临床表现，血清酶学，EMG以及肌肉活检等方面的特点分析，也不难区别。
