对营养不良，免疫功能低下，长期使用糖皮质激素，肿瘤化疗，器官移植后和艾滋病等出现低热，腹泻，消瘦，继而出现干咳，呼吸困难，X线胸片有典型改变者，须注意PCP，呼吸道分泌，纤维支气管镜标本甚或肺活检病原体检查有助于诊断。
依靠自气管吸取物或肺活检组织切片染色见肺泡内泡沫状嗜伊红物质的团块富含原虫，利用乌洛托品硝酸银染色，可查见 直径6～8μm的黑褐色圆形或椭圆形的囊体，位于细胞外，近年有人采用高张盐水雾化吸入提高病原体检出率，又支气管肺泡灌洗术和支气管肺活检时囊虫发现率 可达90%，囊虫染色法有Toluidine blue，环六亚甲胺银，Grdm-wright,Grimss和免疫荧光抗体染色等，近年来有人采用ELISA法检测肺囊虫IgG抗体以及乳胶微粒凝集 试验查囊虫抗原，或分子生物学技术如PcR作快速早期诊断。
本病需与细菌性肺炎，病毒性肺炎，真菌性肺炎，ARDS及淋巴细胞性间质性肺炎(LIP)相鉴别，其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿更难鉴别，但LIP多呈慢性，以咳及干罗音为主，有全身淋巴结增大及唾腺增大，可在肺活检标本中查出EBV-DNA1，而PCP不能查出。
