根据腹痛，腹泻，低热等，参考流行病学资料，结合粪便培养亲水气单胞菌阳性，可作出诊断，其他类型感染根据临床表现及血或分泌物等培养阳性作出诊断。
胃肠型需与其他病原引起的腹泻相鉴别，败血症型需与伤寒和基础疾病本身引起的发热相鉴别。
