诊断
依靠临床表现难以及时做出诊断，确诊需要依靠实验室检查：
1.病原分离 ：从呼吸道分泌物，胸腔积液，血液或肺组织中分离出军团菌是最有力的诊断证据。
2.抗原检测： 方法有直接免疫荧光法(DFA)，乳胶凝集法，放射免疫法，ELISA等较快速的诊断方法，目前最常用的是DFA法。
3.血清学检查： 最常用间接免疫荧光法(IFA)测定患儿血清抗体滴度，恢复期双份血清较急性期升高4倍或以上，达到≥1∶128，或单份恢复期血清滴度≥1∶256即可 确诊，该方法主要用于回顾性诊断，也有用ELISA法测定血清抗体，IgG抗体效价≥1∶160有诊断意义，该方法适用于流行病学调查。
4.缺乏特异性： 本病临床表现缺乏特异性，但有以下几种情况者高度怀疑本病，对诊断可供参考：
(1)流行病学，肺炎集体发生，与装有空调和冷热水系统的医院或托儿所有关。
(2)肺炎持续高热而相对缓脉，病初无上感症状，呼吸系统症状相对较少，而精神神经系统症状较多。
(3)肺炎伴水样腹泻，肝肾功能异常。
(4)呼吸道分泌物涂片上有大量中性粒细胞，而用革兰染色很少发现细菌，且普通细菌培养为阴性。
(5)对青霉素类，头孢菌类和氨基糖甙类抗生素治疗无效。
5.确诊
(1)呼吸道分泌物，痰，血或胸腔积液在特殊培养基中培养有军团菌生长;或呼吸道分泌物直接荧光法检测阳性;或血间接荧光法(IFA)检查前后两次抗体滴度呈4倍或4倍以上增高达1∶128或以上。
(2)血试管凝集试验(TAT)检测前后两次抗体滴度呈4倍或以上增高，达1∶160 或以上。
(3)血微量凝集试验(MAA)检测前后两次抗体滴度呈4倍或以上增高，达1∶64或以上，如单次IFA>1∶256，TAT>1∶320，结合临床X线可考虑军团菌肺炎可能。
鉴别诊断
军团菌肺炎应与支原体肺炎、流感病毒性肺炎等鉴别。
(1)呼吸道分泌物，痰，血或胸腔积液在特殊培养基中培养有军团菌生长;或呼吸道分泌物直接荧光法检测阳性;或血间接荧光法(IFA)检查前后两次抗体滴度呈4倍或4倍以上增高.达1∶128或以上。
(2)血试管凝集试验(TAT)检测前后两次抗体滴度呈4倍或以上增高，达1∶160 或以上。
(3)血微量凝集试验(MAA)检测前后两次抗体滴度呈4倍或以上增高，达1∶64或以上，如单次IFA>1∶256，TAT>1∶320，结合临床X线可考虑军团菌肺炎可能。
