主要诊断依据是反复发作的腹痛，而在发作间期缺乏异常体征，过去发作史对诊断有帮助。
重要的是首先要除外器质性疾患，特别是容易和外科急腹症相混淆，应注意鉴别，常见病如胆道蛔虫病，蛔虫团肠梗阻，阑尾炎，肠套叠，以及较少见的肠扭转，肠穿孔，胰腺炎，嵌顿疝，先天性肠旋转不良，胆道痉挛，胆管炎，肾结石，小型胆总管囊肿腹痛及回肠远端憩室腹痛等均应作必要的检查认真鉴别，有的内科疾病也可引起较重的腹痛如大叶肺炎起病时，急性心力衰竭导致肝脏迅速增大等，过敏性紫癜的腹痛实际是在胃肠黏膜发生紫癜病灶刺激肠壁引起肠痉挛，如同时出现皮肤紫癜即容易与单纯的肠痉挛区别，但须注意紫癜的肠痉挛有时可继发肠套叠，不可忽略，还要注意有些小婴儿肠痉挛反复发作几天后，可突然发展为肠套叠，偶见腹型破伤风，临床表现为痉挛性腹痛，这是由于腹肌痉挛而非肠痉挛，其治疗与预后和肠痉挛完全不同，更需注意腹型癫痫，表现为突然发作腹部绞痛多在脐周，有时在其他部位，持续数分钟至数小时，腹部检查正常，而脑电图有癫痫波，有时腹痛为精神因素引起如受精神创伤以及惊恐等。
