根据各系统的临床表现，实验室检查等可判断感染发生的部位，细菌培养到阴沟肠杆菌为确诊依据，应注意免疫力低下的患者感染的临床表现可不典型，阴沟肠杆菌感染应注意与其他革兰阴性杆菌感染相鉴别，确诊需培养或涂片检测到阴沟肠杆菌。
阴沟肠杆菌败血症需与伤寒或副伤寒进行鉴别。
