非地方性甲状腺肿流行区域的居民，甲状腺弥漫性肿大或结节性肿大，在排除甲亢、甲减、桥本甲状腺肿、急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、无痛性甲状腺炎、甲状腺癌等疾病后可根据病史、临床症状和实验室检查资料诊断为单纯性甲状腺肿。诊断非毒性甲状腺肿必须证实甲状腺功能处于正常状态及血清T3、T4水平正常。甲状腺功能状态有时在临床上难以评价，因为有些甲亢患者，尤其是老年人临床表现轻微或不典型。
单纯性甲状腺肿结节内出血时，扫描示冷结节，可误诊为亚急性甲状腺炎，甲状腺癌，应作甲状腺针刺活检，此外还应与桥本氏甲状腺炎作鉴别，后者常甲状腺球蛋白抗体及微粒体抗体明显增高。
主要应与甲亢作区别，甲亢除有甲状腺肿以外，其甲亢症状较明显，甲状腺功能变化较突出，即有明显的T3，T4，FT3，FT4，rT3升高及TSH下降，其TRAb，TSI，TGA均可阳性，TMA多呈阳性，131Ⅰ吸碘率升高，尿碘升高，但单纯性甲状腺肿兼患神经官能症时，则鉴别诊断稍有困难，如吸131Ⅰ率都有升高，此时作T3抑制试验可有帮助，单纯性甲状腺肿有囊性变及出血时，应与亚急性甲状腺炎作鉴别诊断，亚急性甲状腺炎的甲状腺肿大程度不如单纯性大，且其病程较短有助于鉴别诊断，单纯性甲状腺肿病情不重时可伴有轻度甲减，后期有多结节肿大时可伴有甲亢，多有自主功能变化，且应与桥本病作鉴别诊断，只能靠TGA，TMA及病理解剖变化来鉴别，同时在后期有巨大结节性甲状腺肿时还应与甲状腺癌作鉴别诊断。
