1.血象 ：多数患者白细胞总数升高，多在(10～20)×109/L之间，分类中性粒细胞显著增高，可高达90%以上。
2.脑脊液检查 ：色清，透明，脑脊液压力增高，细胞数增多，在(50～500)×106/L之间，以淋巴细胞为主，糖与氯化物无变化，蛋白质正常或增高。
3.病毒分离 ：有条件单位可取脑脊液作病毒分离，但病初阳性率较低，死后可取脑组织分离病毒。
4.血清学试验： 补体结合试验(CFT)及血凝抑制试验(HLT)，双份血清效价增加4倍以上有诊断意义，或CFT单份血清效价>1∶16;HIT单份血清效价>1∶320可诊断，中和试验由于操作较困难，一般只作流行病调查用，目前尚有用ELISA检测森林脑炎病毒IgG抗体方法，较CFI和HIT分别敏感50～200倍及10～80倍，特异性与重复性均好，未发现与乙脑免疫血清存在交叉反应，还有应用间接免疫荧光法检测血清和脑脊液中特异性IgM抗体，可作早期诊断。
5.PCR检查：应用RT-PCR技术检测早期患者血清或CSF中的病毒RNA，敏感性和特异性均高。
脑电图检查：多数呈弥漫性慢波或散在慢波，心电图呈T波改变。
