最可靠的方法是进行鹦鹉热衣原体的培养，取鼻咽部或咽后壁拭子，气管和支气管吸出物，肺泡灌洗液等标本培养，分离物可用鹦鹉热衣原体种特异性单克隆抗体进行鉴定。
应用PCR试验对上述标本进行检测对诊断有很大帮助，但需要注意质量控制，防止出现假阳性结果。
微量免疫荧光试验(MIF)是目前国际上标准的且是最常用的衣原体血清学诊断方法，但在鹦鹉热衣原体做诊断时应谨慎，除病人具有病鸟接触史以外，血清标本应同时检测沙眼衣原体，肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体抗体并比较抗体滴度，以滴度最高作为感染的衣原体种，从而确定是否是鹦鹉热衣原体，因为三个衣原体种之间可能存在血清学交叉反应，鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状类似于肺炎衣原体肺炎，但前者的发病率远远低于后者，血清学诊断标准为：MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除类风湿因子(RF)所致的假阳性后可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度4倍或以上升高也诊断为近期感染。
鹦鹉热累及心脏时，心电图呈心肌炎改变，鹦鹉热肺部X线主要表现不同程度的肺部浸润，如弥漫性支气管肺炎或间质性肺炎，但无特异性，肺内病变吸收缓慢。
