1、肛门视诊：用两手拇指轻轻分开病人的臀部，观察肛门及周围有无脱出物，外痔、瘘口、脓肿、肛裂等。
2、直肠指诊：又称肛指检查。检查者右手戴上手套或右食指戴上指套，涂润滑油，用右手食指前端放在肛门口，待病人适应后再轻轻插入肛门口，先试验肛门括约肌的松紧度，然后对肛管直肠四周依次进行检查，应注意肠壁周围有无触痛、肿块、波动、狭窄等。在直肠前壁，男性可扪及前列腺，女性可触及子宫颈，手指抽出时，观察手套上有无血液、粘液。
3、肛镜检查：肛镜涂润滑油，缓慢插入肛门，抽出芯子，对好灯光，由深至浅观察直肠粘膜颜色，直肠瓣、有无溃疡、息肉、肿瘤、异物等，将肛镜慢慢往外退出，边退边观察直肠和齿线附近有无病变，如瘘的内口、痔等。
