对原发病未获确诊的病人，直肠指检如扪到直肠近端粘膜有溃疡病变，指套上沾有脓血分泌物，应作涂片找阿米巴滋养体。倘若是在手术中发现肠穿孔较大，肠粘膜上有灰白色坏死组织，或有肠壁片状坏死，尤其发生在盲肠、升结肠、乙状结肠等阿米巴病好发部位，也应取肠内容物或在溃疡面上用拭子作涂片检查阿米巴滋养体，有助于诊断、如果肠穿孔很小，或者发生穿孔的过程较慢，则常因病变周围逐渐形成粘连，而表现为局限性腹腔感染和脓肿，容易被误诊。
