本病常发生心律失常，心脏性猝死，动脉栓塞，感染性心内膜炎和心力衰竭等并发症。
1.心律失常 肥厚型心肌病易并发心律失常，心律失常发生率高为其突出特点，室性心律失常为最常见的心律失常，室上性心律失常和心房颤动也较常见，严重者可发生室性心动过速，甚至室颤或停搏，可引起猝死，其中室性心律失常和心房颤动最为重要，需要治疗。
2.心脏性猝死 是肥厚型心肌病患者主要死亡方式，猝死占死亡病例的一半以上，有报道猝死占死亡病例的78%，猝死的原因为严重心律失常，主要是室性心动过速和室颤。
3.动脉栓塞 易并发动脉栓塞，发生率约9%，形成血栓的主要部位是左心耳，进展到肥厚型心肌病扩张期;也可以在左心室形成血栓，血栓脱落形成栓子，造成动脉栓塞，以脑栓塞多见。
4.感染性心内膜炎 通常发生在梗阻性肥厚型心肌病，发生率约5%～10% ， 感染灶好发于二尖瓣，主动脉瓣，室间隔上部接触性损伤部位的心内膜非梗阻性肥厚型心肌病，发生感染性心内膜炎极少见。
5.心脏传导阻滞，可发生在窦房结和房室结，经常遇见到，也是影响药物治疗的因素。
6.心力衰竭 该病由于心肌肥厚，心室舒张的顺应性降低，早期即可引起左心舒张功能不全，左室舒张末压和左心房压升高;随病情进展，可伴发左心室扩张和收缩功能障碍，出现严重心力衰竭症状，称肥厚型心肌病扩张期，发生率约14%～16%。
7.猝死：少数肥厚型心肌病患者会发生猝死，其前可能没有任何征兆，系统评价可能有助于识别这类高危患者。
