1.呼吸道并发症：约在10%的病人中发生，儿童中更明显，因反流呕吐发生吸入性肺炎，支气管扩张，肺脓肿及肺纤维化为最常见，吸入非典型分枝杆菌合并食管内潴留的油脂可诱发慢性肺部改变，类似临床及X线的结核病，在痰中找到抗酸菌，可能为非典型分枝杆菌，不要误认为结核杆菌，有3种机制可以造成呼吸道并发症：①食物内容物吸入气管或支气管，食管反流物被呼入气道时可引起支气管和肺部感染，尤其在熟睡时更易发生，约1/3患者可出现夜间阵发性呛咳或反复呼吸道感染，最经常发生于有扩张的食管，尤其在夜间平卧时，反复少量误吸，并伴有咳嗽，喘鸣，气短等症状;②明显扩大及充盈的食管发生气管压迫，使呼吸及排痰不畅;③并发癌肿造成食管及气管，或左支气管间瘘管，可造成严重的呼吸道症状，其中以第①项最常见，治疗的方法只有在解除食管梗阻后，才能使肺部并发症好转，肺部不可逆性病变有时可与食管同时进行外科处理。
2.癌肿：据报道2%～7%的病人可合并食管癌，尤其病程在10年以上，食管扩张明显，潴留严重者，主因食物潴留发生食管炎的慢性炎症刺激因素造成，食管肌层切开或扩张术后并不能预防癌肿的发生，有手术成功后多年仍可发生癌肿的报道，因此，应仔细观察有无并发食管癌，遇有可疑情况，进行活体组织学检查，黄国俊及张炜等分别报道失弛缓病合并食管癌患者性别发生率与食管癌相似，以男性为主，但癌并发失弛缓症的发病年龄较食管癌病人为轻，有失弛缓症者平均年龄为48～51岁，无失弛缓症人年龄62～67岁，肿瘤多见发生于食管中段，其次为食管下段及上段。
诊断常延误，因病人的消化道症状常被误认为失弛缓症，待癌肿生长至较大体积发生堵塞扩大的食管才注意，症状是体重下降，吞咽困难从间歇变为进行性，反流呕吐出现血染性物或贫血时才被发现，疑并发有食管癌病例除钡餐X线检查外，做内镜活检及细胞学刷检。
3.食管炎：由于失弛缓症的食管内食物潴留，内镜检查可见到有食管炎及其造成的黏膜溃疡，溃疡可发生出血，少数发生自发性穿孔，食管气管瘘，身体衰弱或已接受抗生素治疗或粒细胞减少者可合并念珠菌感染，内镜中见在炎性黏膜上有白斑，标本涂片及活检可以确诊，治疗应首先行扩张解除食管潴留，病情不能耐受强力扩张者可用吸引引流以保持食管排空，同时应用抗生素。
4.贲门失弛缓症可以并发食管癌或贲门癌,发生率为15 % ，原因可能为食管黏膜长期受到潴留物刺激,发生溃疡,黏膜上皮增生恶变等。
5.其他并发症：由于失弛缓症的食管扩张，使管腔内张力增加，发生膈上膨出型憩室的并发症，可随失弛缓治疗的同时处理，少数病人发生类似类风湿关节炎的关节并发症，治疗失弛缓症后症状可缓解。
