常见的并发症有：
营养不良及维生素缺乏症：腹泻病程较长，如禁食时间过久或长期热量不足，常可引起营养不良和各种维生素缺乏症，消化不良与营养不良可互为因果，往往造成恶性循环，导致不良后果，维生素A缺乏可引起干眼症及角膜软化症;维生素D缺乏可引起手足抽搐症。
感染：常见有中耳炎，口角炎，上呼吸道感染，支气管炎，肺炎，疖肿，败血症，泌尿道感染及静脉炎等，各种感染可能成为腹泻的病因，但也有在腹泻之后，由于全身抵抗力降低而继发感染，迁延性腹泻或原有营养不良病儿，容易并发真菌感染，如鹅口疮，真菌性肠炎，甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎：重型腹泻可能出现黄疸，常见于营养不良及重症败血症病儿，预后不良，故中毒性肝炎是腹泻的严重并发症之一。
其他：如急性肾功能衰竭，弥漫性血管内凝血，感染性休克，中毒性脑病等，如处理不当还可发生急性心力衰竭，高血钾，中毒性肠麻痹，肠出血，肠套叠等，偶可见肠穿孔和腹膜炎。
