本病并发症较少见。可并发：
脑膜脑炎：脑脊液内可找到微丝蚴。临床表现有头痛，呕吐、颈项强直、脑水肿等。
脑昏迷：服用乙胺嗪后，垂死的微丝蚴可阻塞大脑毛细血管，引起持续性昏迷。
丝虫病性心功能不全：心包炎，心肌炎，心内膜炎。临床表现为组织病变，有发热、胸痛、腹水等症状。
其他：肺嗜酸细胞浸润症，蛋白尿甚至血尿等。虫体也可侵入肺部、肾脏，引起肺肾功能异常。
