1、中毒性巨结肠
是严重并发症，见于急性暴发型溃疡性结肠炎及急性重症型病人，其发生率约2%，常在服用可待因，苯乙哌啶以及阿托品等抗胆碱能药物或服用泻剂如蓖麻油后诱发，也可在对急性期或腹泻严重病人行钡剂灌肠检查时诱发，扩张结肠多在横结肠和脾曲，病人出现间歇性高热，精神萎糜呈重症中毒状态，腹部很快膨隆，有压痛，肠鸣音减弱或消失，由于结肠快速扩张，肠壁变薄，血运障碍，易发生肠坏死穿孔，病死率极高，可达30%～50%。
2、结肠穿孔
多在中毒性巨结肠扩张基础上发生，穿孔后导致弥漫性腹膜炎或局限性脓肿，穿孔部位多在乙状结肠或结肠脾曲处，患者多出现高热及感染中毒症状，腹胀，左侧腹部广泛肌紧张，X线透视或平片检查膈下常有游离气体。
3、下消化道出血
直肠，结肠可广泛渗血，绝大多数表现为血便，脓血便，国内统计2077例的下消化道出血病例中，溃疡性结肠炎占8.3%，有时少数病例(约占4%)可出现下消化道反复大出血，1次出血量很多，可达数千毫升，甚至出现休克，需紧急手术治疗。
4、直、结肠癌
癌变发生率为0.7%～8%，甚至可高达13%，比一般人口高5～20倍，病程在10年以上，全结肠有广泛病变以及青少年，儿童期发病者，其癌肿发病率明显增高，癌肿可发生在全结肠的任何部位，5%～42%为多中心癌，且分化程度较低，多为低分化黏液癌，呈皮革状浸润肠壁生长，所以预后差，应定期行肠镜检查，对整个结肠作多处活检，以期尽早发现。
5、直肠和结肠绞窄，是晚期并发症，但很少造成肠梗阻。
6、内瘘
肠腔与肠腔或肠腔与其他空腔脏器(如膀胱，阴道等)互相粘连，形成内瘘;肠腔与皮肤相通形成外瘘，虽较少，但偶有发生。
7、肛门及肛周疾病
8、其他系统并发症
