1.内稳态失衡：十二指肠外瘘发生以后，肠液大量丢失，其排出量>1000ml/24h，流量大者每天可达5000～6000ml，此时循环血量严重不足，电解质和酸碱度失衡。
2.出血：腹腔内出血是肠外瘘特别是十二指肠瘘和高位空肠瘘的早期并发症，出血的部位可以是腹腔内被腐蚀消化的血管，也可能是肠瘘口缘，瘘管肉芽组织，还有可能因胃肠道应激性黏膜糜烂引起出血。
3.感染：腹腔感染及全身感染是肠外瘘病人死亡的主要原因，腹腔感染包括腹膜炎，腹腔脓肿和腹腔内脏器感染，早期以腹膜炎为主，中后期以腹腔脓肿和腹腔内脏器感染为主，有些病人的肠瘘就是在原有腹腔内感染的基础上发生的，肠瘘与腹腔内感染同时存在，形成恶性循环，如重症胰腺炎并发的肠外瘘。
4.营养不良：消化液丢失致食物消化不完全，营养吸收不良。
