如治疗及时，病损可完全消失而无损害，但附睾功能仍可能受到一定影响，如治疗不及时或治疗不当，炎症可发展形成脓肿，导致附睾组织的严重损害，此外，附睾炎可继发纤维化，导致附睾管道的狭窄或闭塞，双侧附睾损害常可导致男子不育症或男子生育力低下，在睾丸被累及的情况下，还可引起睾丸生精功能障碍，附睾脓肿可延伸并破坏睾丸(附睾睾丸炎)，急性附睾炎可演变为慢性附睾炎。
