微小病变性肾病总的来说，预后良好，Cameron报告10年存活率>95%，死亡者大都为成人（尤其是老年）病者，死亡的主要原因是心血管疾病和感染，而后者往往是不妥善地使用激素和细胞毒性药物的副作用，长期追踪发现，发展至慢性肾衰者罕见，成人发展为慢性肾衰者约3% ，儿童则更罕见，慢性肾衰常发生于对激素有抗药性者，同时每附加有局灶性肾小球硬化。
