1、中毒性肠扩张：这是本病的一个严重并发症，多发生在全结肠炎的病人，死亡率可高达44%，临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴有腹泻、腹部压痛和反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞数增多，易并发肠穿孔。
2、肠狭窄：多发生在病变广泛、病程持续长达5-25年以上的病例，其部位多见于左半结肠，乙状结肠或直肠，临床上一般无症状，严重时可引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，鉴别良性恶性。
3、肠穿孔：多为中毒性肠扩张的并发症，也可出现严重型，多发生于左半结肠，皮质激素的应用被认为是肠穿孔的一个危险因素。
4、肠息肉、结肠癌：结肠炎超过五年，肠道溃疡面在炎症的长期刺激下容易异常增生，引发肠息肉，一厘米以上肠息肉癌变率极高;另外，约5%肠炎病例可发生癌变，多见于病变累及全结肠，幼年起病和病史超过10年者。
