1、妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染可发生自然流产、死胎、胎膜早破、早产、低体重儿增多，新生儿结膜炎、新生儿肺炎。
2、孕妇生殖道衣原体感染可以发生垂直传播，可有宫内感染、产道感染和产褥期噶人能。新生儿主要通过软产道感染。新生儿衣原体感染为全身性疾病，衣原体感染新生儿最常侵犯眼结膜形成结膜炎，表现为粘液脓性分泌物，眼结膜充血及乳头增生，病程可长达1-3个月。也可以发生新生儿衣原体肺炎。
