肠侵袭性大肠埃希杆菌感染在多数情况下属于自限性疾病，多于1～2周内痊愈，预后和下列因素有关：
①年老体弱，婴幼儿及免疫功能低下患者，并发症多，预后严重；
②中毒性菌痢病死率较高，尤其是呼吸衰竭型；
③痢疾志贺菌Ⅰ型引起症状较为严重，而福氏菌易致慢性，耐药性菌株则影响疗效；
④采用适当抗菌药物对清除感染有重要作用，用药不当，疗程不足，治疗不及时均影响疗效。
