女性阴道感染毛滴虫后，一般要经过4-28天的潜伏期，主要表现大量臭味脓性阴道分泌物，分泌物呈泡沫状，严重时白带可混有血液，多数病人有外阴瘙痒和灼热感，排尿困难，疼痛，尿频，尿急，甚至间歇血尿等，症状往往于月经前后，妊娠，疲劳或房事后加重，检查时可发现外阴发炎，糜烂，阴唇水肿，阴道及宫颈粘膜发红及尿道炎，偶见腹股沟擦烂等，严重病人阴道壁和子宫颈有出血点和糜烂，呈典型的“杨梅状”，宫颈可充血，水肿。
男性尿道也是感染滴虫的主要地方，无症状占50-90%，引起尿道炎者表现为尿痛，尿频，50-60%有尿道分泌物增加现象，呈脓性或粘液性分泌物，量很少，仅于晨间在尿道口处有一微滴，排尿后消失，分泌物常为间断性的，时有时无，因而极不引起病人的注意，得不到极时的治疗。
潜伏期一般不明确，志愿者接种试验，经4～7天即可出现症状。
1.女性毛滴虫病 主要症状为黄绿色泡沫白带增多与外阴瘙痒，白带稀薄并有腥臭，若合并细菌感染则呈脓状白带并伴臭味，阴道黏膜出血时常呈赤带，白带量很多，常积于后穹隆内，有时亦可溢出阴道口，瘙痒部位主要在阴道口及外阴，灼痛，性交痛亦常见，阴道检查可见阴道黏膜及宫颈红肿，出血“草莓样斑点”，阴道触痛等，少数患者可有腰骶部酸痛和月经不调，阴道毛滴虫如寄生在尿道和膀胱内可产生滴虫性尿道膀胱炎，患者有尿频，尿急，尿痛，间歇性血尿，尿线中断，尿潴留和尿道红肿等症状。
2.男性毛滴虫感染 男性患者表现轻微，可有程度不同的尿道刺痒和不适感，排尿时加重，可出现排尿困难，尿道潮红和有黄白色脓性分泌物流出，严重时出现后尿道炎，膀胱炎。
大多数人感染本虫后并不出现临床症状，称为无症状带虫者，这种带虫者既是传染源，又可在条件适宜时发病，对这种带虫者亦应予以治疗。
具有典型症状的阴道毛滴虫病，诊断并不困难，典型症状可作为临床诊断的依据，即使未查见滴虫亦可诊断，对不典型患者及带虫者则应依靠检查滴虫为确诊依据，临床上常用悬滴法，置一滴温热生理盐水于载玻片上，取阴道分泌物少许混于盐水中，立即镜检，此法如能注意保温，新鲜，检查者经验丰富，其检出率及可靠性都很高，近年已制备成阴道毛滴虫单克隆抗体，采用间接荧光抗体试验(IFA)检查阴道分泌物中滴虫，阳性率和准确性均有提高，对男性患者和带虫者亦可用上述方法检查前列腺液，精液及尿沉渣中虫体，但阳性率远远低于女性，毛滴虫性阴道炎应与真菌性阴道炎，淋球菌性阴道炎及老年性阴道炎相鉴别，此外，非特异性细菌性阴道炎常与合并细菌感染的毛滴虫性阴道炎混淆，临床诊断时也应考虑。
