临床上将本病分为新生儿和成人淋菌性结膜炎。
成人淋菌性结膜炎：潜伏期为10小时至2～3日不等，双眼或单眼发病，病情急剧发展至浸润期，眼睑高度红肿和疼痛；睑结膜高度充血，伴小出血点及假膜形成；球结膜水肿，重者突出于睑裂外；有耳前淋巴结肿痛，病初，分泌物为浆液性或血性，结膜刮片证明上皮细胞内有许多淋球菌存在，约3～5日后，眼睑肿胀有所减轻，变软，而代之以大量脓性分泌物，自睑裂源源不断地流出，是为脓漏期，此时，分泌物中有大量淋球菌，约经2～3周，脓性分泌物逐渐减少，但仍含淋球菌，有感染性；结膜水肿消退，睑结膜高度肥厚，乳头肥大，表面粗糙，可持续数月之久，然后，炎症消失，睑结膜上可遗留深的瘢痕，角膜并发症几乎不可避免，除角膜上皮点状荧光素着染以外，角膜周边部实质浅层可见部分或全环形浸润，浸润与角膜缘间有窄的清亮区相隔，伴轻度前房反应，轻症浸润数日后消退遗留薄翳，重者形成与免疫介导的边缘角膜融解相似的环形溃疡，或中央部溃疡，角膜弥漫模糊，局部变薄，很快穿孔，虹膜脱出。
新生儿淋菌性结膜炎：是新生儿眼炎中最严重者，曾为盲童的重要致盲原因，潜伏期2～5日内者多为母亲产道感染，出生7日后发病者为产后感染，临床表现为双眼剧烈的急性结膜炎，发病初期睑和球结膜水肿，充血，分泌物为水样，血清样，血性，但进展很快，发病数小时后即转为脓漏期，有大量脓性分泌物，重度睑球结膜水肿及炎症，角膜变暗，周边部浸润，溃疡，或中央部溃疡，溃疡穿孔，虹膜脱出，眼内发炎，视力丧失。
