大肠脂肪瘤的病人无明显临床表现，症状的轻重与瘤体的大小有关，当瘤体直径大于2cm时，半数以上的患者有不适反应，常见的症状有：腹痛，大便习惯改变，血便或黏液血液，病变位于直肠时可伴有里急后重，当瘤体较大时，可引起肠梗阻和肠套叠，此时在腹部可触及包块，少数黏膜下脂肪瘤，因部分瘤体自行离断，脱落入肠腔，患者可自肛门排出黄色，团块状脂肪样组织，这是大肠脂肪瘤较为特征性的临床表现，患者极少有全身性表现，个别病人可有贫血和消瘦。
